โครงสร้าง
และอำนาจหน้าที่
เดิมชื่อว่า "โรงเรียนวัดคลองช่อง" เปิดทำการสอนครั้งเเรกวันที่ ๑ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๔๖๒ โดยอำเภอเป็นผู้ก่อตั้งและดำรงอยู่ได้ด้วยเงินศึกษาพลี เปิดสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ มีนักเรียนเริ่มเเรกจำนวน ๓๐ คน
มี นายชิน จริตธรรม เป็นครูผู้สอนและดำรงตำเเหน่งครูใหญ่ด้วยอาศัยศาลาการเปรียญของวัดธรรมประสิทธิ์เป็นที่เรียน
พุทธศักราช ๒๕๐๒
ศาลาการเปรียญที่ทำการสอนถูกพายุพัดพัง ทางราชการจึงจัดสรรงบประมาณจำนวน ๘๐,๐๐๐ บาท ให้สร้างอาคารเรียนแบบ ป๑ จำนวน ๔ ห้องเรียน ขนาด ๙ x ๓๖ ตารางเมตรไม่มีฝากั้นห้องและเพดาน
ต่อมาชุมชน ได้บริจาคเงินเป็นจำนวน ๑๕,๑๕๓.๓๑ บาท เพื่อทำเพดานและฝากั้นห้องและเปลี่ยนชื่อเป็น "โรงเรียนวัดธรรมประสิทธิ์" เมื่อวันที่ ๒๓ สิงหาคม พ.ศ. ๒๕๐๕
พุทธศักราช ๒๕๑๐
โดยได้รับงบประมาณจัดสรรจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดสมุทรสงคราม จำนวน ๔๐,๐๐๐ บาท เพื่อย้ายอาคารเรียนมาปลูกสร้างในที่แห่งใหม่ ซึ่งเป็นศูนย์กลางของหมู่บ้านและเป็นสถานที่ตั้งในปัจจุบัน
พุทธศักราช ๒๕๑๒
ทางจังหวัดสมุทรสงครามได้ประกาศให้ตำบลคลองโคนเป็นเขตขยายการศึกษาภาคบังคับ ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๗
พุทธศักราช ๒๕๖๑
ชุมชนได้ร่วมกันจัดหาและร่วมกันบริจาคงบประมาณเพื่อสร้างอาคารเรียนหลังนี้ ให้กับราชการโดยเริ่มดำเนินการรื้อถอนและก่อสร้างอาคารใหม่ วันที่ ๑๘ สิงหาคม พ.ศ.๒๕๖๑ แล้วเสร็จในวันที่ ๒๘ เมษายน พ.ศ.๒๕๖๒ ใช้เวลาก่อสร้างประมาณ ๗ เดือน และทำการส่งมอบในวันที่ ๒๕ พฤษภาคม พ.ศ.๒๕๖๑ รวมการก่อตั้งโรงเรียนมานาน ๑๐๐ ปี ๒๕ วัน จึงร่วมกันตั้งชื่อว่า "อาคารคลองช่อง ๑๐๐ ปี สามัคคี ร่วมใจ"